W 1428 roku książę Janusz I nadał 20 włók ziemi zwanych Świerczewo Siedlisko nad rzeką Jabłoń przy granicy Wdziękona, Mirzowi, Michałowi i Janowi z Tyszek. Jest to pierwsza pisana wzmianka w której pojawiła się nazwa tej miejscowości.
Miejscowy ród szlachecki przyjął nazwisko Wdziękońscy herbu Dąbrowa. Niewiele wiadomo o tym rodzie. Nie był to też liczny ród, w XIX wieku tylko jeden szlachcic zdołał udowodnić swoje pochodzenie, powołując się na Wawrzyńca Wdziękońskiego herbu Dąbrowa burgrabiego zambrowskiego z 1767 roku.
Wdziękońscy tworzyli tu zaścianek szlachecki. Część wsi należała też do innych rodów. W końcu XVIII wieku żył Tomasz Krajewski chorąży czernichowski, właściciel majątków w ziemi płockiej, był też dziedzicem części Wdziękonia.
W 1783 roku wśród właścicieli ziemskich w tej miejscowości wymienia się: Gawkowskiego, Krajewskiego i Wdziękońskich.
Wdziękoń był w przeszłości całkiem sporą osadą. Już w 1827 roku było tu 34 domy i 198 mieszkańców. Mieszkało tu bardzo dużo potomków dawnej szlachty. W końcu XIX wieku naliczono tu aż 40 gospodarzy tego pochodzenia. Posiadali średnio prawie 8 hektarowe gospodarstwa. Z tego powodu, że była to duża osada, na przełomie XIX i XX wieku podzieliła się na mniejsze. W 1921 roku było tu (Wdziękoń Pierwszy) 32 domy i 218 mieszkańców, miejscowość należała do gminy Długobórz.
Pod koniec 2012 roku wieś liczyła 183 mieszkańców (40 domów), na dzień 31 lipca 2016 r. wieś liczy 169 mieszkańców (53 domy).
Obecnie sołtysem jest Luiza Saniewska.